L'Istituto scienze della Terra collabora con università, amministrazioni pubbliche ed aziende private, a livello nazionale ed internazionale, per progetti di ricerca finanziati da fondi europei e nazionali. La collaborazione con l’amministrazione cantonale ticinese riguarda temi come il monitoraggio delle risorse idriche, le previsioni di piena, lo sviluppo di servizi web e la gestione di banche dati ambientali.